編制程序不同
投標階段施工組織設計是為了編制投標書，所以首先熟悉招標文件，明確招標單位的要求，針對招標文件要求進行標前設計，從而做出有競爭力的投標決策。設計順序是：學習招標文件→進行調查研究及現場踏勘→編制施工方案和選用施工機械→編制施工進度計劃、確定開、竣工日期、分批分期開完工部位日期及總工期→繪制施工平面圖確定標價及鋼材、木材、水泥等主要材料用量→編制主要技術組織措施→提出合同談判方案(包括談判組織、談判目標、談判準備等)。
實施階段施工組織設計是在拿到工程中標通知書后進行的，內容是從施工準備一直到工程竣工驗收，是施工過程中的指導性文件，編制程序是：工程概況→施工管理組織→施工部署→施工方案→施工進度計劃→各類資源計劃→施工技術組織措施→施工平面圖設計→指標計算與分析。
編制目的不同
投標階段施組編制的目的就是為了投標，主要是追求中標和達到簽訂承包合同的目的，通過編制施工組織設計讓業主了解企業的機械裝備、資金力量、施工部署、施工方案、施工組織等。并通過合理的報價，向業主展示自己的綜合實力。
而實施階段施組，就是為了使所中標的工程，在施工的過程中，如何提高施工效率，合理的安排和使用人力物力，追求施工效率和經濟效益，兩者的重要區別是：一個主要是控制性、戰略性、規劃性的，一個是全局性、指導性、作業性的。
編制時間不同
投標施組是在投標書編制時著手編寫，由于受報送投標書的時間限制，編制標前施工組織設計的時間很短。
而實施階段的施組，是施工單位進場后進行編制，對現場的了解更深入，編制時間相對較充裕。
因此針對這種特點，平時要注重兩類施工組織設計的相同素材的搜集與積累。例如：主要項目的施工方法；施工企業質量管理體系；防止質量通病的技術措施；工程質量檢測的設備；國家或建設行政主管部門推廣的新工藝、新技術、新材料；文明施工現場措施；施工安全的技術措施及保證體系等。以上素材平時都可以提前編寫出來，分別建立小標題，利用計算機貯存，使用時可隨時調出，結合具體情況略微修改后就可利用了。
服務范圍不同
投標施組是為了滿足編制投標書和簽訂工程承包合同的需要而編制的，它的主要目的是使投標書具有競爭力以實現中標。對其內容進行規劃和決策，它是業主考查承包商能力的依據；業主通過投標施組，首先考查承包商響應招標文件提出的各項相關要求的情況及考查承包商技術方案的合理性和可靠性、組織管理水平、履約能力、質量安全保證措施可行性、成本控制能力。
它還是指導中標前后合同談判的重要依據；中標前技術談判，是通過審核施工組織的合理性、可靠性、先進性來確定。中標后的談判是經濟談判，通過談判最終確定合同價款和承包條件。標前施組設計的水平既是能否中標的關鍵，又是總包單位招標和分包單位編制投標書的重要依據，它還是承包單位進行合同談判，提出要約和進行承諾的根據和理由，是擬定合同文件相關條款的基礎資料，帶有很強的戰略性。
實施階段施組是以整個建設項目或群體工程為對象編制的，是整個建設項目或整個群體施工的全局性、指導性文件，它的主要作用是：
（1）確定設計方案的可行性和經濟合理性；
（2）為建設單位主管部門編制建設投資計劃提供依據；
（3）為施工單位主管部門編制建安計劃提供依據；
（4）為組織物質技術供應提供依據；
（5）保證及時的進行施工準備工作；
（6）解決有關建筑生產和生活基地組織或發展問題。
同時實施階段根據需要編制分部工程施工組織設計及單位工程施工組織設計。單位工程施工組織設計，是施工組織總設計的具體化，用以指導單位工程施工組織和施工，是項目編制月旬計劃的基礎。分部工程施工組織設計：主要是對于施工難度大、施工技術復雜的項目，用來指導各分部工程的施工，如；防水工程、預應力工程、導截流工程、大量土石方工程、基礎處理等。分部工程施工組織設計突出作業性，主要進行施工方案、進度計劃和技術措施設計。
編制者不同
由于投標階段施組適應經營需要，追求中標和承包后的經濟效益，因此帶有控制性、戰略性，一般主要由企業的技術、經營管理人員編寫，文字敘述上規劃性、客觀性強；
實施階段施組應由項目經理組織項目經理部的各部門進行編制，技術部門(人員)負責施工方案的編制，生產計劃部門和工程部門，分別負責施工組應由項目經理組織項目經理部的各部門進行編制，項目經理負責協調使各部門相互創造條件，提供支持，指標的計算和分析亦由各相關部門分別進行。
文字敘述上具體直觀、作業性強。因此針對這種特點，要注重兩類施工組織設計內容側重點的敘述技巧。例如：投標階段施工組織設計對本工程擬采用的新工藝、新技術、新材料的應用，在文字敘述中即要有符合國家和建設行政主管部門推廣“四新”技術的方針、政策的論述，還要有保證工程質量或節約工程投資的對比計算方案，更要有施工工序和施工方法的詳述。這樣不僅文章生動活潑，而且有力有理。而對有些常規施工工序和施工方法，簡明扼要，無須大篇幅渲染，切忌面面俱到。而實施階段施工組織設計，對“四新”技術的應用，側重點在施工工序和施工方法上的詳述，對主要工序和施工方法即使屬于常規操作規程，也要具體陳述步驟，便于指導生產。對工程項目部而言，實施階段施工組織設計，就是要在科學合理地組織各種施工生產要素上下功夫，從而保證施工活動有秩序、高效率、科學合理地實施。
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